1994 年的这个夜晚,注定会被 DNA 计算史铭记。美国南加州大学计算机科学家雷纳德·阿德勒曼对着著名生物学家詹姆士·沃森的 DNA 教科书《基因分子生物学》发出感慨:“DNA 真是一种不可思议的东西。”一旁的妻子开玩笑道:“说不定它能做成计算机呢!”
这句话突然使阿德勒曼灵光闪现:“人体细胞和计算机处理与储存信息的方式如此相似。计算机以 0 和 1 组成字符串存储库,而生物体以 A、T、C、G 表示的分子存储信息。我们当然可以利用 DNA 来完成计算机高速运算的任务。”当年 10 月,他就在《科学》杂志上发表了一篇题为《组合问题的生物电脑解决方案》的论文,首次提出分子计算机的概念,即用 DNA 分子构建计算机,完成计算任务。
不久,阿德勒曼设计并构建的第一台利用 DNA 进行运算的计算机诞生了。为了证明这台 DNA 计算机的实用性,他将其用于解决一个经典数学问题,并在一周之内完成了这项当时半导体计算机需要花费两年才能解决的问题。就这样,DNA 计算机的雏形诞生了。
蹒跚学步
2001 年,以色列魏茨曼科学研究所的科学家在《自然》杂志上报道了一种由 DNA 分子和酶分子构成的微型“生物计算机”,其中酶为计算机“硬件”,DNA 为“软件”,输入和输出的“数据”都是 DNA 链。
与以往研制的一些 DNA 计算机不同,这是第一台不需要人工干预、能够自动运算的 DNA 计算机。“我们已建立一种由生物分子所组成的纳米级计算机,由于体积超小,无法只单独运行一台来执行任务。”以色列魏茨曼科学研究所的艾哈德·夏皮罗教授表示,当数兆台计算机同时被激活时,它们就可执行数十亿个运算作业。
然而,直至今日,DNA 计算机的研制仍处于起步阶段,现在判断这种 DNA 计算机是否有实用价值还为时尚早。要将其应用到临床,例如帮助基因组测序、进入生物体内寻找异常现象,或有目的地释放或合成药物等,可能还需要等待数十年。
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豆蔻年华
基于 DNA 分子和酶分子混合物的 DNA 计算机面临着诸多瓶颈。比如,酶分子价格昂贵,且需要温和的反应条件。这使得之前在实验室里制造的生化电路普遍具有局限性。2006 年,美国加州理工大学埃里克·温弗里教授研究组提出了一种新型 DNA 分子元件来构造 DNA 计算机,这一分子元件的结构非常简单且标准化、运作稳定,容易升级。
“DNA 分子在溶液中自由运动,有时会碰撞在一起。”温弗里说,“如果两个相遇的 DNA 分子有着互补的序列,单链就会扣在半双链多出来的单链上,并将之前的半双链解开,释放出一个新的自由单链。”这样的过程会持续下去,直到获得足够的输出信号为止。通过多个 DNA 反应的级联,就可组成具有多层电路结构的 DNA 计算机。
埃里克·温弗里教授利用这种 DNA 分子元件建立了 AND 、OR 和 NOT 逻辑门。在这一阶段,这种 DNA 计算机只有 12 个不同的 DNA 分子,从原先一个单独的逻辑门扩展到五层电路,但运算速度却降低了好几个数量级。
风华正茂
2011 年至今,DNA 计算机展现出惊人魅力。2011 年,华人科学家钱璐璐在实验室中使用 DNA 分子构建了人工神经网络。基于 DNA 链置换反应,这种位于试管中的人工智能系统构建了具有反馈功能的霍普菲尔德神经网络,利用四个 DNA 构建的神经元实现了“读心”游戏,即通过几个简单的问题,就能够“猜测”对方心中所想的内容。
钱璐璐说:“我们试图借鉴那些算法、编程语言和编译器之类已经由电子计算机验证过的成功理念,并把它们应用到分子生物学当中。”很快,能够模仿大脑工作形成自己“记忆”的 DNA 计算机就见诸于报道。
随后,钱璐璐在前一个“试管人工智能”的基础上,开发了一种名叫“赢者通吃”的由 DNA 制成的人工神经网络,并解决了机器学习界的经典问题——识别手写数字。这项工作是证实人工智能与 DNA 电路结合的一个重要步骤。