当年八月,教授会一致同意,由希尔伯特接任赫尔维茨的位置,而闵可夫斯基在波恩也被晋升为副教授。下一年以希尔伯特对 e 和 π 之超越性简短证明开始,他放开了不变量,向数论进军。导师林德曼接受了慕尼黑大学的位置,教授会将希尔伯特放进了下一任正教授的三人候选名单上报柏林教育部,主管的官员十分看重克莱因的意见,于是他在三十一岁的希尔伯特名字上画了一个圈。而且他还询问被提拔人,谁可以继任他的副教授之职?
希尔伯特只好与闵可夫斯基暂时告别,不过他们最终会在哥廷根共创辉煌。1895 年 3 月,他来到高斯(Carl Friedrich Gauss,1777-1855)、狄利克雷(Peter Gustav Dirichlet,1805-1859)和黎曼(Bernhard Riemann,1826-1866)工作过的地方。恰巧,这一年是高斯到达哥廷根一百周年。同一年,闵可夫斯基接替了希尔伯特在柯尼斯堡的正教授职位。
“希尔伯特精神”的功效,可用冯·卡门在其自传 The Wind and Beyond 中的一句话概而括之:“希尔伯特是那个能把手指放在问题的核心并以一闪而过的理解照亮头脑的人。”冯·卡门回忆起,在他成长于哥廷根的那些年,希尔伯特“总是给我启发,因为他很快就发现了一些关系,这些关系照亮了黑暗领域,并解决了其他数学家多年来一直在研究但没有成功的问题。”作为工程学家和应用数学家,冯·卡门甚至这样说:“从永恒的角度来看,我认为科学史上最伟大的数学家是希尔伯特,因为他将积分方程理论发展成为一种工具,使科学家能够在曾经混乱不堪的领域取得突破。”